Amu Hinamori, une jeune fille cool, mais en fait plutôt réservée et peu sûre d'elle, rêve d'intégrer les Gardiens, un groupe de son école chargé de la protection des élèves. Pour cela, il faudrait un oeuf contenant un Shugo Chara, la personnalité rêvée de celui ou celle qui le possède.

Après la naissance d'un quatrième oeuf, Amu se retrouve seule et doute de ses compétences de joker.

Amu doit trouver un moyen de récupérer ses Charas dérobés par le professeur Nikaidô. Les Gardiens la soutiennent dans son combat.

Amu découvre que son rôle consiste à guetter les oeufs X et à les neutraliser afin que leur propriétaire puisse retrouver ses rêves.

Amu et ses amis gardiens ont réussi à contrer le projet Black Diamonds. Mais Easter n'a pas dit son dernier mot et met déjà en place son prochain plan dont la pièce maîtresse est cette fois Ikuto. Pour échapper aux griffes de ses geôliers, ce dernier se réfugie... dans la chambre d'Amu !

Ce serait bien si Amu récupérait son oeuf shugo devenu un chara X. Rima, la nouvelle reine des gardiens, et son valet Kairi, qui paraissaient plutôt louches, l'y encouragent. Seraient-ils finalement des ± gentils » ?

Afin de sauver Ikuto de l'emprise d'Easter, Amu et ses amis doivent monter en haut d'une antenne télé où le jeune homme se trouve. Mais les gardiens sont ralentis à chaque étage par des êtres manipulés par des oeufs x.

A l'approche de la remise des diplômes, Amu doit faire face à de nombreux bouleversements, à commencer par la disparition de Ran, Miki et Sû. Heureusement, Dia, qui se dit être la "navigatrice de son futur" , va la guider à travers un voyage spatiotemporel à la recherche de ses chara...