Noir parvient à vaincre les champions d'arène d'Ogoesse à l'aide de Tcheren et Bianca. Blanche, quant à elle est débordée car elle doit présenter un projet de comédie musicale au maire de Méanville.

Alors que la région de Kalos vit paisiblement, le petit village de Bourg-Croquis est ravagé par l'apparition de deux pokémon légendaires sauvages: Yveltal et Xerneas... La mystérieuse Team Flare, prête à tout pour rebâtir un monde plus "beau" va tenter de s'emparer du secret de la méga-évolution...

X et ses amis sont enfin arrivés à Illumis, la capitale de Kalos! Malgré leur situation périlleuse où l'on ne sait à qui se fier, ils parviennent au Laboratoire du Professeur Platane mais une surprise les y attend. L'heure de lever les secrets de la Méga-Evolution serait-elle enfin venue ?

En compagnie de White, Black poursuit son rêve de battre la ligue et devenir le nouveau champion des dresseurs avec ses Pokémon Munna et Gruikui. L'étrange organisation Ginga continue sa lutte contre l'exploitation des Pokémon par l'homme et commence à faire changer les mentalités.