Nathan est un écolier tout à fait ordinaire. Alors qu'il se promène dans les collines près de chez lui, il découvre Whisper, un Yo-Kai très bavard. Ce drôle de personnage lui offre une Yo-Kai Watch, une montre qui lui permet de révéler la présence des Yo-Kai autour de lui. Nathan va s'en servir pour convaincre les Yo-Kai de devenir ses amis et utiliser leurs pouvoirs pour faire le bien. Le voilà embarqué dans une aventure extraordinaire !