Deux ans après s'être résolus à fermer la Mystère & Cie, le super-chien Scooby-Doo et ses amis Fred, Daphné, Sammy et Véra se retrouvent sur Spooky Island.

Coolsville n'est plus cool du tout... Un mystérieux scélérat masqué prend un malin plaisir à terroriser ses habitants. Il prend l'apparence de monstres et de fantômes que Scooby-Doo et sa bande ont déjà mis sous les verrous.