Thomas se réveille enfermé avec un groupe d'adolescents amnésiques dans un labyrinthe titanesque en perpétuel mouvement. Ils devront faire face à des pièges mortels ainsi qu'aux Grievers, terribles créatures qui rôdent la nuit dans le dédale du labyrinthe.

Après s'être échappés du Labyrinthe, Thomas et les blocards doivent maintenant faire face à un défi plus grand encore : fuir l'organisation secrète WCKD. Ils se retrouvent alors projetés au coeur de la Terre Brûlée, un paysage de désolation, ravagé par l'Apocalypse, rempli d'obstacles perilleux